Tahun 1973, Mega menikah dengan rekannya sesama aktivis di GMNI yang dapat julukan bule, Taufiq Kiemas. Dari pernikahan ini, Mega dikaruniai satu putri yaitu Puan Maharani. Pernikahan Mega ini lagi-lagi dipisahkan oleh ajal. Taufiq yang setia mendampingi karir politik sang istri, meninggal pada tahun 2013 lalu.